NTRK写入最新版肺癌指南!NGS检测方法或是最优!

近日,美国国家综合癌症网络(NCCN)发布了非小细胞肺癌指南2019年第3版。在 NSCLC NCCN 2019.V3 版本发布之前,肺癌靶向用药相关基因推荐的有 8个,但从2019年开始,肺癌靶向用药相关基因再也不是8个了,而是9个了!多的这个基因就是大家所熟悉的“广谱靶向药”/“泛癌种靶向药”的靶点基因:NTRK基因!

NCCN及CSCO肺癌指南推荐的8基因

在 NSCLC NCCN 2019.V3 版本发布之前,根据《非小细胞肺癌 NCCN 指南 2019.V2版》(以前版本)及CSCO《原发性肺癌诊疗指南2018版》,我们不难发现:肺癌靶向用药相关的基因,主要有8个基因,分别是EGFR、KRAS、HER2、ALK、ROS1、MET、BRAF 和 RET这 8 个基因。

NCCN指南推荐的肺癌靶向药相关8基因

CSCO原发性肺癌诊疗指南2018版推荐的肺癌8基因

NCCN 2019.V3 版肺癌指南推荐9基因

在2019年1月18日NCCN发布了非小细胞肺癌指南2019年第3版之后,肺癌靶向用药相关基因从8个变成了9个,新增了NTRK基因融合。

2019年第3版NSCLC的NCCN指南更新,拉罗替尼(Larotrectinib)被推荐作为 NTRK 基因融合阳性转移性 NSCLC 患者的一线治疗选择!

NTRK(NeuroTrophin Receptor Kinase)是神经营养因子受体络氨酸激酶。原肌球蛋白受体激酶(TRK)家族包括 TRKA、TRKB 和 TRKC 三种蛋白,它们分别由 NTRK1、NTRK2 和 NTRK3 基因编码,这些蛋白通常在神经组织中表达 。

3个TRKs蛋白很少在神经组织外表达,但是3个基因融合导致的3个TRK受体结构激活被认为是实体肿瘤(包括肺癌、唾液腺癌、甲状腺癌和肉瘤)的致癌因素(致癌基因)。据估计,有 0.2% 的 NSCLC 患者存在 NTRK 融合,通常不与其它致癌驱动因子(如 EGFR、ALK或ROS1)同时存在。

拉罗替尼(Larotrectinib)是一款不分年龄和癌种类型针对NTRK融合的广谱TRK抑制剂,主要抑制酪氨酸激酶的活性!TRK家族蛋白是酪氨酸激酶,如果能抑制激酶活性,就能抑制癌症生长。此次更新主要参考《新英格兰医学杂志》的一篇研究结果:一项对 NTRK 基因融合阳性患者(55例)的研究显示:拉罗替尼(larotrectinib)的总体应答率为75% (95% CI, 61% -85%)(PMID:29466156)。

 

融合基因(Gene fusion),是指将两个或多个基因的编码区首尾相连,置于同一套调控序列(包括启动子、增强子、核糖体结合序列、终止子等)控制之下,构成的嵌合基因。

NTRK基因的融合促进了肿瘤的形成,NTRK基因融合将导致NTRK基因家族成员(NTRK1、NTRK2、NTRK3)与另一个不相关的基因融合在一起。TRK融合蛋白将处于持续活跃状态,引发永久性的信号级联反应,驱动TRK融合肿瘤的扩散和生长。

NTRK基因融合方式:NTRK基因的3’部分发生了包含催化酪氨酸激酶域、与相关基因5’部分的内框融合,驱动基因表达,促进蛋白二聚体化等变化,这与ALK和ROS1基因融合的致癌原理类似。

一、TRK融合有哪些融合类型?各占比多少?

TRK融合包括TRKA (NTRK1)(约占45%)、TRKB (NTRK2)(约占2%)和TRKC(NTRK3)(约占53%)。

NTRK1/2/3基因目前共发现有14个独特的上游融合 partner 基因:

NTRK的14个 partner 基因

二、肺癌中常见的NTRK融合是哪个?

肺癌常见的是 TPR-NTRK1融合。耐药突变可能是:NTRK1 G595R 和 NTRK1 G667S突变。

肺癌的NTRK融合和耐药基因(位点)

三、肺癌患者中NTRK融合人群有多少?

NSCLC 的患者中有 0.2% 存在 NTRK 融合,通常不与其它致癌驱动因子(如 EGFR、ALK或ROS1)同时存在。

四、该使用什么方法进行NTRK基因融合检测呢?

目前,有多种方法可用于检测NTRK基因融合,包括FISH、IHC、NGS和PCR检测。

NCCN指南更新参考的《新英格兰医学杂志》对 NTRK 基因融合阳性患者(55例)的研究中(PMID:29466156),对NTRK基因融合的检测,使用的方法就是NGS(50例)和FISH(5例)。

NGS方法:50例NTRK融合阳性使用的是大小不一的NGS panel进行检测的,并且所检测的实验室都是经过 CLIA 认证的。比如,其中有Foundation Medicine (Cambridge, MA, USA)、Memorial Sloan Kettering Cancer Center (New York, NY, USA) 和 University of Washington(Seattle, WA,USA)。

NTRK融合检测的NGS推荐产品

2018年初,LOXO公司已与Illumina合作,欲将其TruSight Tumor 170 panel(TST 170)作为拉罗替尼NTRK融合的伴随诊断产品:

TST 170 panel检测的流程

FISH方法:5例用FISH探针检测出来NTRK融合阳性的,其中部分用ETV6断裂探针所代替(ETV6有商业化探针,但是NTRK3并没有商业化探针),其他NTRK1和NTRK2也没有商业化的探针。

IHC方法:临床试验中也用Pan-TRK免疫组化来检测TRKA、TRKB和TRKC的c-末端区,用的是Abcam公司的兔单抗(克隆号EPR17341),在Leica Bond III机器上完成,抗原修复用的是BOND Epitope Retrieval Solution 2。IHC仍处于临床研究阶段,没有商业上可用的诊断试剂盒。(2017年底,LOXO公司与罗氏旗下的Ventana公司合作开发一种 pan-TRK免疫组化检测产品,用以识别NTRK基因融合的肿瘤类型患者)

由于FISH和IHC目前并没有商业化的试剂盒产品,且检测的样本类型必须为FFPET样本,所以在临床的检测上有很大的不确定性和局限性。为什么?因为NTRK基因融合的检测可以用组织样本,也可以用血液样本啊!

比如官方公布的检测数据中,组织检测NTRK融合使用的panel有Foundation Medicine公司的F1CDx panel 和 MSK的IMPACT平台;血液检测NTRK融合使用的是Guardant Health公司73基因panel,检测ctDNA。

考虑到二代测序在这方面的优势,所以小编推荐对于NTRK融合检测首选NGS方法。

五、NGS方法检测NTRK融合还有什么优势?

值得注意的是,NTRK的融合虽与拉罗替尼疗效有关,但是不容忽视的一点就是,拉罗替尼的耐药机制已有研究,涉及到多个氨基酸位点的突变,这些突变的位点就只能用NGS方法来检测了。

所以我们在检测NTRK融合的时候,还需要检测其耐药的位点,比如:TRKA出现G595R突变,TRKB出现 G639R 突变或者TRKC出现G623R突变等。针对其耐药位点的第二代TRK靶向药物LOXO-195已经出炉,专门来对抗耐药的新突变。

TRKA/B/C蛋白的部分热点突变(PMID:30333516)

NTRK3 G623R 突变及其旁系同源 NTRK1 G595R突变被称为“溶剂前沿”(solvent front)突变,因其会改变激酶结构域核苷结合环中亲水性溶剂暴露的部分,从空间上干扰与拉罗替尼的结合,降低其对肿瘤的抑制作用,所以这时候拉罗替尼就会出现耐药的情况。这时候使用第二代TRK靶向药物LOXO-195就会比较有效。

LOXO-195针对NTRK1 G595R突变有效

综合,如果条件允许的情况下,小编还是建议用NGS方法来检测NTRK,不仅能检测NTRK的各种融合情况,还能检测TRK抑制剂拉罗替尼的耐药情况,一举两得。如果没有组织,想用血液做的话,那就只能用NGS方法来做了。

拉罗替尼未来有望在国内上市

2018年11月27日(美国时间26日),FDA加速批准 Bayer 和Loxo Oncology 共同开发的泛癌种靶向药 Vitrakvi(larotrectinib,拉罗替尼)上市,用于治疗携带 NTRK 基因融合的局部晚期或转移性实体瘤的成人和儿童患者。

2019年1月14日,拉罗替尼在中国申报临床试验(IND),并获得受理。相信在未来的不久,拉罗替尼将会在国内上市,给那些有NTRK融合的患者带来一线希望。

 

本文来源:基因Talks

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